Entre la Filosofía y la Ciencia es al mismo tiempo un paisaje natural y urbano con alegorías que simbolizan el desarrollo de la industria y el campo en diferentes etapas de la historia de México. La pintura refleja una crítica a la política y la sociedad de su época, en sintonía con el espíritu progresista y revolucionario del autor. En las esquinas inferiores, aparecen dos figuras contrastantes: un cadáver que representa a la filosofía y una joven que representa a la ciencia. Detrás de ellas, está el contexto en el que se integran: la filosofía rodeada de construcciones antiguas, arte y hombres que buscan la inspiración hasta llegar al ridículo; la ciencia, rodeada de naturaleza y edificios que representan el progreso. Sin duda, O’Gorman transmite su visión e ideales a través de varios mensajes, relativamente ocultos desperdigados en la obra.

Juan O’Gorman ha sido reconocido tanto por sus pinturas como por su labor en la arquitectura –se le llama el padre de la arquitectura moderna del país–. Un ejemplo de ello fue su propia casa en San Ángel, considerada la primera casa moderna de México y hogar del mural Entre la Filosofía y la Ciencia (hay bastante diferencia), que originalmente decoraba el comedor. La obra, relacionada con una conferencia que dictó el propio autor respecto al tema, ha sido interpretada como un diagrama irónico en el que se presentan los contrastes entre la arquitectura, asociada a la filosofía, y la ingeniería, asociada a la ciencia: desde su faceta estética hasta la funcional, de lo artístico a lo tecnológico, del papel que cumple ofreciendo soluciones materiales a su dimensión creativa como producto de la imaginación.